Năm 1942, bà Ly cho xây dựng lại ngôi chùa mới và mời ni sư Thích Nữ Như Đức (nhũ danh Hồ Thị Ân) giữ vai trò trụ trì. Tại dây, ni sư tham gia hoạt động cách mạng cùng bà Thái Thị Nhạn (Hội trưởng Hội Phụ nữ Cứu quốc Sài Gòn – Chợ Lớn) tổ chức thực hiện rải truyền đơn “Giải thích tam ước ngày 06 tháng 3 năm 1946”, vận động quần chúng góp sức nuôi quân ở các khu căn cứ An Phú Đông, vùng Bưng Sáu Xã.
Trong kháng chiến chống đế quốc Mỹ xâm lược, chùa Từ Vân là nơi tập hợp một bộ phận Phật tử, quần chúng yêu nước xuống đường tham gia phong trào đấu tranh chính trị của Hội Phật giáo thành phố năm 1963. Hoạt động thường xuyên tại chùa vào thời gian này có đồng chí Nguyễn Minh Mẫn (bí danh Năm Thường – cán bộ Thành đoàn). Mùa hè năm 1963, đồng chí Mẫn cùng một đoàn Phật tử chùa Từ Vân xuống đường biểu tình đả đảo chính sách gia đình trị của Ngô Đình Diệm, đòi quyền tự quyết dân tộc, đòi thi hành hiệp định Geneve, chống đế quốc Mỹ xâm lược Việt Nam. Chùa còn là trạm giao liên đưa cán bộ ra khu và đón cán bộ từ khu về nội thành. Ngày nay, công trình kiến trúc chùa Từ Vân đã thay đổi so với trước, song đây vẫn là nơi ghi dấu những sự kiện lịch sử của hai thời kỳ kháng chiến chống xâm lược từ năm 1940 đến năm 1975.
Chính điện chùa Từ Vân chia thành ba gian, bởi hai hàng cột đá, mái lợp ngói, các diềm mái trang trí gốm men xanh lưu ly. Giữa chính điện là bàn thờ Phật Thích Ca, A Nan, Ca Diếp, Quan Âm Bồ Tát, Thích Ca Sơ Sinh. Hai gian bên có các bàn thờ Quan Âm Nam Hải, Địa Tạng Vương Bồ Tát và bàn thờ anh hùng liệt sĩ.
Khu giảng đường nối tiếp sau tổ đường chùa Từ Vân là nơi đồng chí Nguyễn Minh Mẫn cùng các Phật tử, thanh niên yêu nước họp bàn kế hoạch xuống đường tham gia biểu tình năm 1963, góp phần vào lịch sử đấu tranh cách mạng của Phật giáo Sài Gòn trong cuộc kháng chiến chống đế quốc Mỹ xâm lược.
Chùa Từ Vân được Ủy ban nhân dân thành phố Hồ Chí Minh xếp hạng di tích lịch sử cấp thành phố theo Quyết định số 3264/QĐ-UB ngày 27 tháng 7 năm 2007.
Theo: http://www.phunhuan.hochiminhcity.gov.vn